苏州东吴足球俱乐部前身是2008年成立的苏州锦富新材足球俱乐部，2015年更名苏州工业园区东吴足球俱乐部，11月7日正式成立苏州东吴足球俱乐部。曾分别于2014年、2017年闯入中国足协杯16强。2020年5月23日，苏州东吴足球俱乐部收到中国足协下发的回函，将递补参加2020赛季中国足协甲级联赛

苏州东吴足球俱乐部前身是2008年5月29日成立的苏州锦富新材足球俱乐部，最初是在苏州飞之翔体育文化传播有限公司的协助下成立，目的只是为丰富锦富新材料股份有限公司员工业余生活和促进企业文化，但是随着球队实力不断增强，球队逐渐成为苏州业余足球的一张名片。球员主要由公司部分员工和苏州地区部分优秀的业余球员构成。
苏州锦富新材足球俱乐部多次代表苏州参加加油中国冠军联赛，并获得2009年加油中国冠军联赛的冠军和2010年加油中国冠军联赛的亚军。
2012年，以河海大学为班底苏州锦富新材足球俱乐部代表江苏参中国足球协会业余联赛并获得全国总冠军，从而获得2013年中国足协杯正赛的资格，但是在首轮即被中乙球队大理锐龙足球俱乐部淘汰出局。
2014年，苏州锦富新材第二次参加中国足协杯正赛，先后淘汰中丙冠军大连台安老哥们、中甲球队北京八喜、中超球队辽宁宏运进入到第4轮，最后1:2被上海申鑫逆转止步第4轮。
2014年球队计划参加中国足球协会业余联赛大区赛，因未参加地方赛事，又是后期增补加入，遭到其他赛区集体抵制，未能如愿参赛。
2015年球队再次报名足协杯资格赛，并以小组第一晋级到足协杯正赛，但在第二轮点球被该年度中甲联赛冠军延边长白山淘汰，凭此获得“业余球队进步奖”。2015年，苏州东吴夺得中国足球协会业余联赛冠军，继而获得2016年中国足球协会乙级联赛的资格。
2015年更名苏州工业园区东吴足球俱乐部，11月7日宣布成立苏州东吴足球俱乐部，12月7日正式在工商部门注册成立“苏州东吴足球俱乐部有限公司”   。2015年，苏州东吴夺得中国足球协会业余联赛冠军，继而获得2016年中国足球协会乙级联赛的资格。
2016年12月21日，创始人汪俊将俱乐部的99%股份转让予上海睿颍管理咨询有限公司   。
2017年中国足协杯，东吴队接连淘汰四川安纳普尔那足球俱乐部、梅州客家、延边富德足球俱乐部闯入到第4轮，最后点球大战14比15（总比分15-16）被上海上港淘汰 。
2020年，苏州东吴足球俱乐部和昆山FC同时收到中国足协下发的回函，递补参加2020赛季中国足协甲级联赛。
2020年11月8日，在中甲第二阶段保级组第5轮比赛中，苏州东吴1-0战胜陕西大秦之水，成功完成保级